Algunos musicólogos opinan que la habanera es de origen africano; otros, dada la evidencia de su nombre, la sitúan en la isla de Cuba, desde donde fue llevada, a través del filtro español, a Europa.

Esta versión que otorga a la habanera partida de nacimiento en Cuba en el siglo XIX como un ritmo descendiente de la contradanza europea, adaptada y llevada por los españoles a la isla en el siglo XVII, es la mas afinada y aproximada de las teorías sobre su procedencia, según defienden muchos investigadores y estudiosos de la habanera.

También hay quién afirma que esta contradanza llegó a la isla a través de Haití .

Es una de las manifestaciones musicales más singulares que, tras penetrar en España por distintos caminos (la navegación comercial atlántica, el regreso de los soldados de la isla de Cuba y la zarzuela) llegaron a tierras murcianas, concretamente a Totana, donde halló un especial microclima, para echar potentes raíces y convertirse en una de las señas de identidad de todo un pueblo que encontró en sus bellos espacios naturales ("La Santa" y "los huertos") y en lugares de trabajo ("almacenes" de mandarinas y almendras) los mejores escenarios para cantar, en pequeños o grandes grupos, las habaneras que han hecho de Totana un ejemplo de interpretación cadenciosa y uno de los grandes reductos españoles de la mas pura nostalgia habanera.

Podemos considerar a la Habanera como un género musical de "ida y vuelta" entre España y Cuba, que tiene un origen pasional y que transmite creencias y sentimientos de sus gentes. Cuentan la vida de marineros, comerciantes, marginados, soldados, indianos, buscadores de fortuna. La Habanera, hija de la contradanza y reformada por los criollos cubanos, fue la primera en hacer las maletas y asentarse con fuerza en España como género propio de norte a sur y de este a oeste, pasando por el interior de la Península o " tierras de agua dulce".